Прошло несколько месяцев после событий первого сезона. Юкино и её друзья из клуба астрономии, казалось бы, вернулись к обычной жизни, но тень от нераскрытых тайн прошлого всё ещё нависает над ними. Неожиданно в школу приходит новый ученик, представившийся как исследователь из малоизвестного научного фонда. Он проявляет нездоровый интерес к Юкино и её уникальной связи с Луной, задавая вопросы о её детстве и «Лунном проекте» — засекреченной программе, в которой участвовали её родители. Вскоре герои обнаруживают, что за ними установлена слежка, а в ночном небе начинают происходить аномальные явления: лунный свет временами приобретает странное свечение, влияя на электронику и самочувствие людей. Клуб астрономии понимает, что история далека от завершения, и им снова предстоит объединиться, чтобы защитить Юкино и раскрыть истинные цели таинственной организации.
Расследование приводит друзей в заброшенную обсерваторию в горах, где они находят фрагменты старых исследовательских данных своих родителей. Выясняется, что «Лунный проект» был не просто научной миссией, а попыткой установить контакт с невероятной формой жизни, существующей в виде энергетического поля в лунной коре. Эта сущность, названная «Селеной», теперь проявляет активность, и её пробуждение грозит непредсказуемыми последствиями для Земли. Новый ученик раскрывает свои карты: он — сын одного из учёных, погибших в той аварии, и хочет не просто изучать феномен, а использовать силу «Селены». Юкино и её друзьям предстоит не только противостоять ему, но и сделать судьбоносный выбор: как поступить с древним лунным сознанием — попытаться уничтожить его, чтобы обезопасить человечество, или найти способ понять и договориться, рискуя всем, во что они верят. Сезон завершится эпической конфронтацией под светом полной луны, где решатся судьбы героев и, возможно, будущее двух миров.
