Третий сезон начинается с того, что мир, едва оправившийся после битвы с Изначальным Хаосом, снова трещит по швам. Равновесие между мирами людей и духов нарушено не магией, а самым обычным страхом. В городах начинают пропадать дети, и все улики ведут к загадочным зеркальным порталам, которые открываются сами собой. Главный герой, Кай, теперь не просто странствующий воин, а наставник в Академии Стихий. Он пытается учить новое поколение, но его прошлое настигает его в виде видений: он видит мир, где герои проиграли, а легенды были забыты. Вместе с верной спутницей Рин и бывшим врагом, демоном-полукровкой Дзиро, он отправляется в Рассветный Лес — место, где время течет иначе. Там они находят искаженное Древо Жизни, корни которого питаются не водой, а слезами. Выясняется, что порталы создает не злодей, а само Древо, пытаясь «исправить» историю, стирая тех, кто, по его мнению, совершил роковые ошибки в прошлом.
Вторая половина сезона превращается в гонку со временем. Кай понимает, что Древо — это не просто растение, а коллективное сознание всех погибших героев древности, которые не смогли принять свои поражения. Они хотят переписать реальность, убрав из нее «слабые звенья», и под раздачу попадают все, кого Кай любит. Рин жертвует своей памятью, чтобы замедлить процесс, а Дзиро вступает в схватку с собственной тенью — тем демоном, которым он мог бы стать, если бы не встретил друзей. Кульминация происходит в Хрустальном Зале Забвения, где Кай встречает призрак своей погибшей сестры. Она не враг, а последний страж Древа, который пытается объяснить: чтобы спасти мир, нужно не победить Древо, а принять его боль. Кай отказывается от меча и вместо битвы начинает рассказывать Древу истории — не легенды о великих победах, а простые, человеческие, о том, как герои ошибались, плакали и прощали друг друга. Древо впервые за тысячу лет плачет, и его слезы становятся дождем, который гасит зеркальные порталы. Финал остается открытым: мир спасен, но Рин не помнит Кая, а Дзиро исчезает в неизвестном направлении, оставив лишь записку: «Я пошел искать тех, кого мы забыли».
