Старшеклассница Аой Танака находит в заброшенном храме старую тетрадь в потрескавшейся кожаной обложке. Внутри — не просто записи, а настоящий бестиарий, где каждое существо описано с пугающей точностью и снабжено рисунками, которые, кажется, шевелятся в лунном свете. Аой, тихая и замкнутая девушка, увлекающаяся фотографией заброшенных мест, поначалу принимает находку за чью-то шутку. Но всё меняется, когда она случайно произносит вслух имя, записанное на первой странице. В ту же ночь к ней в окно влетает маленькое светящееся существо, похожее на помесь светлячка и медузы. Оно представляется Куро — хранителем дневника, который веками переходит от одного «писца» к другому. Оказывается, мир людей гораздо теснее соседствует с миром ёкаев, духов и оборотней, чем кто-либо подозревает. Аой теперь не просто владелица книги — она новый летописец, обязанный фиксировать встречи с нечистью, помогать заблудшим духам и следить, чтобы хрупкое равновесие между двумя мирами не рухнуло.
Поначалу Аой в ужасе: ей приходится мирить ревнивого кицунэ, поссорившегося с хозяйкой чайной лавки, выгонять из школьного спортзала водяного, который поселился в бассейне, и успокаивать плачущую юки-онну, застрявшую в холодильнике супермаркета. Куро, хоть и вредный, но мудрый наставник, объясняет, что каждое существо в дневнике — это чья-то забытая история, боль или мечта. Постепенно Аой начинает видеть красоту в этих странных созданиях: она узнаёт, что пугающий цукумогами на самом деле тоскует по своему прежнему хозяину, а злобный с виду они — всего лишь защитник старого леса. Но дневник хранит и тёмные страницы. В конце книги есть раздел, запечатанный древней печатью, и Аой чувствует, что там скрыто что-то опасное. Ей предстоит понять, почему предыдущий писец исчез, оставив дневник в храме, и какую цену платят те, кто слишком глубоко заглядывает в мир духов. С каждым новым существом, вписанным в тетрадь, Аой меняется сама: её фотографии начинают улавливать то, что не видят обычные люди, а собственная тень иногда живёт своей жизнью. Дружба с Куро и неожиданная поддержка одноклассника, который тоже чувствует неладное, помогают ей не сойти с ума, но финал этой истории, спрятанный в последних главах дневника, уже начал писаться сам собой.
