В 2035 году Япония пережила катастрофу, известную как Прорыв. В результате эксперимента по созданию самовоспроизводящейся биоматерии, способной очищать окружающую среду, нечто пошло не по плану. Созданная субстанция, названная Материей, вышла из-под контроля, поглотив целый город Курохаги и превратив его в смертоносную зону. Теперь этот район оцеплен, а внутри бушует агрессивная биомасса, пожирающая все живое. Спустя два года старшеклассница Айко Татибана узнает шокирующую правду: ее тело на восемьдесят процентов состоит из искусственных тканей, а сама она — клон, созданный для спасения человечества. Вместе с загадочным ныряльщиком Юей Кандзаки и группой опытных оперативников она отправляется в самое сердце зараженной зоны. Их цель — добраться до первичного источника Материи, так называемой Точки зарождения, и уничтожить его, прежде чем катастрофа распространится на всю страну.
Путь через Курохагу превращается в смертельную гонку, где каждый шаг может стать последним. Материя не просто поглощает — она копирует, искажает и создает жуткие формы жизни, преследующие группу. Но главная опасность кроется не только в мутантах. Айко вынуждена столкнуться с правдой о своем происхождении: она не просто копия, а ключ к остановке катастрофы. Ее тело хранит воспоминания и клетки настоящей Айко, погибшей при Прорыве, и именно эти клетки способны нейтрализовать Материю. Однако, чтобы активировать этот механизм, ей придется пожертвовать собой. Параллельно раскрываются мотивы Юи, который скрывает собственную связь с трагедией, и выясняется, что за Прорывом стоят не только научные амбиции, но и корпоративные интриги. В финале, когда группа достигает эпицентра, Айко предстоит сделать выбор: стать инструментом спасения или найти способ сохранить свою новообретенную личность, бросив вызов самой судьбе.