Тихий прибрежный городок Идзумото живёт в тени Великого Тихоокеанского течения, которое с каждым годом всё ближе подступает к берегам. Семнадцатилетний Рёта Аоки работает в порту, помогая отцу ремонтировать старые рыбацкие суда. Он никогда не задумывался о том, что скрывается за горизонтом, пока однажды шторм не выбрасывает на песок девушку в прозрачном скафандре, покрытом странными символами. Она не помнит своего имени, но на её запястье выжжена метка, совпадающая с древним гербом храма на окраине города. Рёта прячет незнакомку в заброшенном маяке, но уже на следующее утро в порт заходит военный корабль с эмблемой частной корпорации «Глубина». Их представитель, холодный и вежливый мужчина по имени Кадзуки Синдо, требует выдать «образец», угрожая блокировать весь промысел. Местные жители начинают шептаться о проклятии, а старый хранитель маяка рассказывает Рёте легенду: когда-то под водой существовал город, который ушёл на дно вместе с людьми, способными дышать солёной водой. Девушка — одна из них, и её преследуют не просто учёные, а те, кто хочет открыть проход в затопленный мир.
Рёта решает бежать с ней на лодке отца, но двигатель глохнет ровно в той точке, где эхолот показывает пустоту — будто под килем не дно, а бездонная пропасть. Девушка внезапно приходит в себя и произносит слово «Киока», после чего вода вокруг лодки начинает светиться. Из глубины поднимаются гигантские тени — не рыбы, а механизмы, поросшие кораллами, с вращающимися штырями и лампами, излучающими тусклый синий свет. Синдо с вертолёта сбрасывает гарпуны, но один из механизмов перехватывает их и утаскивает вертолёт под воду. Рёта понимает: «Глубина» не просто охотится за девушкой — они пытаются уничтожить всё, что связано с подводным городом, потому что боятся правды. Оказывается, океан хранит не только руины древней цивилизации, но и вирус, который превращает обычных людей в таких же «водных», как она. И этот вирус уже начал распространяться: у местного мальчика, который искупался в лагуне, на коже проступила чешуя. Теперь Рёте нужно не только спасти девушку, но и решить, стоит ли позволить океану забрать своё — или человечество должно навсегда остаться на суше, забыв о том, что скрывается в чёрной воде.
