Третий сезон застает Акиру Куроко снова втянутым в водоворот событий, которые он так отчаянно пытался оставить позади. После временного затишья и попытки наладить нормальную жизнь с близкими, в Токио начинают происходить странные убийства, почерк которых напоминает работу киборгов-убийц из прошлого. Однако на этот раз жертвами становятся не только преступники, но и мирные жители, а следы ведут к таинственной организации, которая, судя по всему, смогла восстановить и усовершенствовать технологии «Кибер-Синдиката». Акира понимает, что его уникальная способность к регенерации и боевой опыт снова нужны, но теперь он не один — к нему присоединяется его сестра Маки, которая прошла собственную подготовку и готова сражаться плечом к плечу. Вместе они пытаются выяснить, кто стоит за новыми убийствами, и сталкиваются с шокирующей правдой: их старый враг, доктор Като, возможно, не погиб, а лишь затаился, вынашивая план по созданию идеального солдата, способного превзойти самого Акиру.
Параллельно с этим в сюжет врывается загадочный киборг по имени Юджи, который обладает невероятной скоростью и, кажется, знает об Акире больше, чем сам главный герой. Юджи утверждает, что он — результат эксперимента по клонированию и модификации ДНК, и что Като создал целую армию таких, как он, но что-то пошло не так. Теперь эти «идеальные солдаты» вышли из-под контроля и охотятся на своего создателя, попутно уничтожая всё на своем пути. Акире и Маки приходится заключить временное перемирие с Юджи, чтобы добраться до Като раньше, чем это сделают его же творения. Но чем глубже они проникают в тайны лабораторий, тем яснее становится, что грань между человеком и машиной окончательно стерта, и что для победы Акире, возможно, придется пожертвовать последними остатками своей человечности. Финал сезона подводит к жестокому выбору: уничтожить источник силы Като, рискуя собственной жизнью, или позволить хаосу распространиться за пределы города, поставив под угрозу весь мир.
