Второй сезон «Чёрного клевера» начинается с того, что Аста и его отряд «Чёрные быки» возвращаются после разрушения подземелья ведьм. Казалось бы, победа над ведьмой Ваникой и спасение сестры Нелл должны принести передышку, но Королевство Клевер оказывается на пороге полномасштабной войны. Тайное общество «Око Белого Демона», чьи планы становились всё более дерзкими, наносит удар прямо в сердце страны — во время церемонии посвящения в рыцари-маги. Лидер повстанцев, загадочный Лич, демонстрирует чудовищную силу, и Аста впервые сталкивается с врагом, который способен не только блокировать его антимагию, но и подчинять себе демонические сущности. В ходе битвы выясняется шокирующая правда: «Око Белого Демона» не просто банда фанатиков, а жертвы древнего заговора, и их цель — воскресить демона, запечатанного много веков назад. Параллельно Юно, второй главный герой, получает таинственный меч и начинает слышать голос духа ветра, который открывает ему тайны прошлого королевства.
Вторая половина сезона превращается в гонку со временем. Аста, потеряв контроль над своей демонической формой после очередного срыва, вынужден отправиться в опасное путешествие к Ведьме-Королеве, чтобы научиться сдерживать свою силу. Тем временем Юно вступает в схватку с одним из сильнейших членов «Ока» — Марсом, который оказывается не просто врагом, а бывшим принцем соседнего королевства, чей разум был искалечен экспериментами. Их дуэль становится ключевым моментом: Юно пробуждает истинную силу четырёхлистного клевера, но понимает, что для победы над демонами одной магии недостаточно. Финал сезона — это масштабное сражение за столицу, где все рыцарские отряды объединяются против армии оживших мертвецов. Аста, наконец, принимает свою тёмную сторону, но не как проклятие, а как оружие, и вместе с капитаном «Чёрных быков» Ями Сукехиро вступает в бой с самим Личем. Последние кадры показывают, как из тени появляется настоящий хозяин «Ока» — демон, чьё имя запрещено произносить, и его смех эхом разносится над горящим замком, оставляя зрителя в ожидании третьего сезона.
