Тихий океан, бескрайняя синева и одинокий остров, на котором расположена элитная Морская школа. Сюда со всего мира съезжаются подростки, мечтающие покорить глубины. Но это не обычное учебное заведение. Школа плавает прямо на воде, её корпуса соединены прозрачными тоннелями, а вместо классов — лаборатории с аквапоникой и симуляторы шторма. Главный герой, Рё, поступает сюда с одной целью: найти отца, пропавшего пять лет назад во время экспедиции к Марианской впадине. В школе действует строгая иерархия: первокурсники осваивают теорию и базовое дайвинг-снаряжение, второкурсники получают доступ к экспериментальным подводным дронам, а старшие курсы управляют настоящими батискафами. Но Рё быстро понимает, что за блеском хромированных коридоров скрываются секреты. Учебные аварии оказываются слишком реалистичными, а некоторые преподаватели исчезают так же внезапно, как и его отец.
Вместе с разношёрстной командой новичков — дерзкой пилоткой Мидори, гением-инженером Кеном и молчаливым наблюдателем Юки — Рё начинает собственное расследование. Они находят засекреченный сектор школы, где хранятся записи о контактах с неопознанными подводными объектами. Оказывается, школа была построена не просто для обучения. Она служит прикрытием для проекта «Бездна» — попытки наладить связь с цивилизацией, живущей в гидротермальных источниках на дне океана. Отец Рё не погиб, он первым установил контакт, но был захвачен, когда попытался предупредить человечество об опасности. Теперь школе грозит закрытие, а глубинные существа, почувствовав угрозу, начинают атаковать исследовательские станции. Рё и его друзьям предстоит не только сдать выпускные экзамены по управлению субмариной в условиях цунами, но и решить, можно ли доверять тем, кто живёт в вечной темноте, и стоит ли человечеству вообще вторгаться в их мир.
