Ученики класса 3-E школы Кунугигаока, те самые, что едва не лишились жизни от рук своего же учителя, снова собираются вместе. Прошёл год после той безумной ночи, когда они убили Короку-сенсея и спасли планету. Казалось бы, можно выдохнуть и жить обычной жизнью старшеклассников. Но судьба, словно издеваясь, подкидывает новую загадку. В руки Нагумы попадает странная видеокассета, на которой запечатлён не кто иной, как сам Короку-сенсей. Он улыбается своей фирменной жутковатой улыбкой и сообщает, что это не прощальное послание, а приглашение на последний, дополнительный урок. Оказывается, их миссия не была завершена до конца. В недрах правительственных лабораторий сохранился тайный протокол «Феникс» — резервная копия биологического оружия, способного воссоздать существо, подобное Короку-сенсею, но лишённое его человечности и привязанности к ученикам. И этот протокол уже активирован.
Бывшим убийцам предстоит проникнуть на сверхсекретный объект, где их ждут не только ловушки и вооружённая охрана, но и новый враг — идеальный, бездушный аватар их учителя, созданный для одной цели: уничтожить всё, что было дорого оригиналу. Этот искусственный Короку-сенсей не колеблется, не шутит и не даёт поблажек. Он знает все их слабые места, все тактики, которым их обучил настоящий сенсей. Ребятам придётся вспомнить старые навыки, заново научиться доверять друг другу и, главное, понять, что делает человека человеком. Смогут ли они убить того, кто выглядит в точности как их любимый учитель, но не имеет души? Или же они найдут способ доказать, что уроки Короку-сенсея были не просто тренировкой меткости, а настоящей школой жизни, где главное оружие — это сердце? Дополнительный урок обещает быть самым сложным, ведь на кону стоит не судьба мира, а память о том, кем они стали благодаря жёлтому пришельцу.
