Второй сезон аниме «Оммёдзи: История Хэйан» разворачивается на фоне увядающей роскоши императорского двора, где интриги плетутся так же искусно, как и заклинания. Минамото-но Хиромаса, молодой аристократ, обладающий даром видеть духов, всё глубже погружается в мир тайной магии Онмёдо. Его наставник, загадочный Абэ-но Сэймэй, не спешит раскрывать все карты, но именно Хиромаса оказывается в центре событий, когда в столицу приходит новая напасть. На этот раз угроза исходит не от разгневанных ёкаев или мстительных призраков, а от людей — придворных, заключивших опасные сделки с потусторонними силами ради власти и бессмертия. Хиромаса сталкивается с кланом проклятых магов, которые используют запретные ритуалы, высасывая жизненную силу из простых горожан и подпитывая древнее зло, дремлющее под основанием дворца. Параллельно развивается линия принцессы Ацуко, которая, наученная горьким опытом прошлого, сама начинает изучать основы онмёдо, чтобы защитить себя и своих близких от дворцовых заговоров. Её союз с Хиромасой становится всё крепче, но их чувствам угрожает не только политика, но и проклятие, висящее над родом Минамото — дух-хранитель семьи требует жертвы, и Хиромаса понимает, что следующей может стать именно Ацуко.
Сюжет второго сезона набирает обороты, когда в Киото прибывает таинственный монах из далёких земель, который утверждает, что знает способ навсегда запечатать врата в мир духов. Однако его методы пугают даже Сэймэя: монах предлагает уничтожить все священные рощи и храмы, лишая ёкаев убежища, что приведёт к гибели множества безобидных существ и нарушит хрупкий баланс между мирами. Хиромаса оказывается перед мучительным выбором — поддержать жестокий, но эффективный план чужака или встать на сторону Сэймэя, который предпочитает договариваться с духами, а не истреблять их. Тем временем выясняется, что за спиной монаха стоит тень самого императора-отшельника, который много лет назад пытался обрести бессмертие и теперь вернулся в виде полудуха, жаждущего поглотить всю столицу. В финальных сериях Хиромасе предстоит не только сразиться с могущественным врагом, используя заклинания, которым его научил Сэймэй, но и принять свою тёмную сторону — ту часть души, что унаследована от проклятого предка. Кульминацией становится битва на крыше императорского дворца, где реальность искажается, и прошлое, настоящее и будущее сливаются воедино. Хиромаса жертвует своей памятью, чтобы спасти Ацуко и разрушить заклинание бессмертия, но в последний момент Сэймэй, улыбнувшись, перехватывает удар, принимая проклятие на себя. Столица спасена, но великий онмёдзи исчезает, оставляя Хиромасу с новым знанием и тяжёлым бременем — теперь он сам должен стать хранителем равновесия, понимая, что тьма и свет всегда будут идти рука об руку, а цена за гармонию — это одиночество.
