Второй сезон «Энциклопедии жалких созданий» начинается там, где закончился первый: Ая, всё ещё не оправившаяся от шока после встречи с собственной матерью, пытается вести обычную жизнь старшеклассницы. Но странные существа, питающиеся человеческими страданиями, не дают ей покоя. Теперь они стали агрессивнее и изощреннее. Если раньше жалкие создания просто подпитывались слезами и обидами, то теперь они научились провоцировать людей на самые темные поступки. В новой школе Ая встречает парня по имени Рё, который, кажется, тоже видит этих тварей. Однако его методы борьбы с ними пугают девушку: он не пытается утешить жертв, а наоборот, доводит их до крайней степени отчаяния, чтобы монстры, насытившись, исчезли сами. Ая оказывается перед сложным выбором — оставаться человеком и пытаться спасать других через сострадание или стать такой же безжалостной, как Рё, чтобы выжить.
Параллельно раскрывается тайна происхождения жалких созданий. Оказывается, они не просто порождения негативных эмоций, а осколки душ людей, которые когда-то сами были жертвами и не смогли справиться с болью. Ая узнает, что её мать когда-то пыталась создать лекарство от этих существ, но эксперимент вышел из-под контроля, и теперь город накрывает волна новых, ещё более страшных монстров — тех, что питаются не горем, а надеждой. В финале сезона Ая и Рё сталкиваются с созданием, которое воплощает в себе все страхи, которые они когда-либо подавляли. Чтобы победить его, Ае приходится признать, что её собственная жалость к себе и другим — это тоже форма слабости, которую монстры используют против неё. Сезон заканчивается на тревожной ноте: жалкие создания начинают объединяться в стаи, и становится ясно, что настоящая война только начинается.
