Второй сезон застает Кенту и его друзей спустя полгода после событий финала. Казалось бы, жизнь наладилась: общество приняло героев, угроза Альянса Зла устранена, а сам Кента наконец-то обрел уверенность в себе. Но идиллия рушится в тот момент, когда в городе начинают пропадать люди, причем все они — бывшие злодеи, которых когда-то пощадили. Кента пытается расследовать это, но сталкивается с неожиданным препятствием: его собственная Маска начинает давать сбои. Она то отказывается активироваться в критический момент, то, наоборот, высасывает из него силы без причины. Вдобавок ко всему, в школу приходит новый загадочный ученик — тихий и незаметный парень по имени Рё, который подозрительно много знает о механике работы масок и о прошлом самого Кенты.
Параллельно выясняется, что исчезновения — дело рук тайной организации «Архитекторы», которые считают, что герои нарушили естественный баланс, оставив злодеев в живых. Их лидер, человек в маске Феникса, утверждает, что мир может существовать только в условиях тотального противостояния добра и зла, а любое перемирие ведет к застою и гниению. Кента пытается доказать обратное, но каждый его шаг лишь подтверждает правоту врага: спасенные злодеи снова берутся за старое, а обычные граждане начинают бояться героев, считая их источником проблем. В финале сезона Кента узнает шокирующую правду: его Маска — не артефакт, а живое существо, которое питается его эмоциями. И если он продолжит сомневаться, она просто поглотит его личность, превратив в пустую оболочку. Теперь ему предстоит сделать невозможный выбор — отказаться от силы, чтобы спасти себя, или принять свою темную сторону, чтобы защитить тех, кто в него верит.
