В городе, где реальность кажется прочной лишь на первый взгляд, начинают происходить странные события, связывающие обычных школьников с таинственным феноменом. Ученица старшей школы Миё Кирима, мечтающая о нормальной жизни, сталкивается с серией загадочных исчезновений и смертей, которые, как выясняется, имеют отношение к экспериментам по созданию идеального человека. В то же время её одноклассник Кэйити Танака, влюблённый в Миё, оказывается втянут в водоворот событий после встречи с девушкой по имени Токико Мисаки — существом, которое называют Бугипоп. Эта фигура, обладающая сверхъестественными способностями и холодным рассудком, появляется в моменты, когда мир балансирует на грани катастрофы. Бугипоп не испытывает эмоций и не смеётся, но именно она берётся за расследование аномалий, угрожающих человечеству. Параллельно развивается история группы учёных, создавших искусственный интеллект, который вышел из-под контроля, и тайной организации, стремящейся использовать его в своих целях.
Сюжет переплетает несколько временных линий и точек зрения, постепенно раскрывая, как случайные встречи и решения отдельных людей влияют на глобальный порядок. Миё, пытаясь защитить подругу, сталкивается с тёмной стороной собственной личности, а Кэйити, ищущий правду, оказывается перед выбором между спасением близких и сохранением человечности. Бугипоп, наблюдая за этими драмами, вмешивается лишь тогда, когда хаос грозит уничтожить саму структуру реальности. В финале выясняется, что все нити ведут к единой угрозе — существу, способному стирать воспоминания и изменять прошлое. Героям предстоит понять, что смех и слёзы — не просто эмоции, а ключи к выживанию в мире, где иллюзия и истина перестали различаться. Бугипоп, оставаясь бесстрастным наблюдателем, в последний раз появляется, чтобы напомнить: даже в безнадёжной тьме есть место для чуда, но цена за него может оказаться слишком высокой.