Второй фильм трилогии «Прикосновение небес» начинается с того, что Эмия Сиро окончательно принимает свою судьбу. После гибели Сакуры в одном из сценариев предыдущей арки, он заключает сделку с тенями и самой тьбой, чтобы вернуть её любой ценой. Пробуждение Сэйбер Альтер — это лишь верхушка айсберга. Настоящий ужас кроется в храме Рюудо, где Мато Зокэн завершает ритуал, и в подземельях поместья Мато, где Сакура, раздавленная годами насилия и магических экспериментов, начинает терять себя. Её тело становится вместилищем Святого Грааля, а разум — полем битвы между любовью к Сиро и ненавистью ко всему миру. Тень, вырывающаяся из неё, пожирает не только слуг, но и обычных людей, превращая Фуюки в город-призрак. Сиро приходится сражаться не только с врагами, но и с собственным идеализмом: он понимает, что спасти Сакуру можно только ценой жизней других, и этот моральный компромисс разрывает его изнутри.
Параллельно разворачивается дуэль между Тосакой Рин и её сестрой. Рин, узнав правду о том, что Сакуру отдали на усыновление в семью Мато, пытается убить её из чувства долга и вины, но каждый раз колеблется. Кульминацией становится противостояние в храме: Арчер, верный своей идее справедливости, вступает в бой с Сэйбер Альтер, но проигрывает из-за предательства собственного Мастера. Сиро, лишившись поддержки, вынужден использовать проекцию «Правителя мечей» — Unlimited Blade Works, но его реальность не выдерживает напора тьмы. В финале Сакура, полностью захваченная Граалем, убивает Зокэна и поглощает Сэйбер, после чего отправляется в убежище Эмии, чтобы уничтожить последнее, что связывает Сиро с прошлым. Фильм обрывается на моменте, когда Сиро, истекая кровью, стоит на пороге своего дома, а изнутри доносится голос Сакуры, которая уже не помнит, кто он такой. Вопрос о том, можно ли простить непростительное и остаться человеком, повисает в воздухе, оставляя зрителя в ожидании финальной битвы.