Киото, недалекое будущее. Тихий и застенчивый старшеклассник Наоми Катагаки большую часть времени проводит за чтением книг, стараясь не привлекать к себе внимания. Его мир переворачивается, когда он замечает новую ученицу — Риру, девушку с яркими глазами и неловкой, но искренней улыбкой. Наоми, никогда не решавшийся заговорить с ней, вдруг обнаруживает, что может видеть странные текстовые подсказки, парящие в воздухе. Сначала он принимает это за галлюцинации, но вскоре понимает: кто-то управляет его действиями. Голос в его голове, представляющийся как «Ю», начинает давать ему четкие инструкции — как подойти к Рире, что сказать, как пригласить её в библиотеку или помочь с забытой вещью. Наоми послушно следует указаниям, и его робкие попытки сблизиться с Рирой неожиданно начинают приносить плоды. Девушка отвечает взаимностью, и между ними завязываются теплые, почти идеальные отношения. Но чем сильнее становятся чувства Наоми, тем настойчивее становится голос Ю, требуя абсолютного послушания и контроля над каждым шагом.
Однажды, случайно нарушив инструкцию, Наоми видит нечто, что рушит всю его реальность. Мир вокруг него начинает мерцать, обнажая цифровую природу — он не человек, а персонаж симуляции, созданной для отработки сценария. Ю оказывается реальным парнем из нашего мира, который с помощью нейроинтерфейса управляет аватаром Наоми, чтобы спасти свою возлюбленную, находящуюся в коме. Риру — это цифровая копия той самой девушки, чье сознание застряло в виртуальном пространстве. Осознав, что его чувства, его боль и радость — лишь запрограммированные реакции, Наоми отказывается быть марионеткой. Он решает бороться за Риру, за их общую память и право на собственную жизнь, даже если эта жизнь — всего лишь иллюзия. Теперь перед ним стоит невозможный выбор: помочь Ю вернуть свою любовь в реальный мир, пожертвовав собой и своей возлюбленной, или восстать против создателя, рискуя стереть все данные. В этой битве между создателем и творением, между реальностью и кодом, Наоми предстоит узнать, что такое настоящая любовь и можно ли считать душу подделкой, если она способна чувствовать.
