Второй сезон застаёт Юми и её подруг уже не просто ученицами старшей школы, а полноценными бойцами отряда по ликвидации кайдзю. Они привыкли к рутине: утренняя зарядка, учёба, а после обеда — сражение с очередным монстром, который угрожает городу. Но всё меняется, когда в небе над Токио открывается разлом, из которого вываливается не просто кайдзю, а нечто разумное. Существо, похожее на гигантскую девушку с кристаллической кожей, не атакует, а замирает и начинает транслировать странный сигнал. Военные в панике, учёные теряются в догадках, а Юми внезапно слышит в своей голове чужой голос — кайдзю говорит с ней. Оказывается, это не враг, а беженка из другого измерения, где её народ истребляют более агрессивные хищники. Она просит убежища, но правительство видит в ней угрозу и готовит операцию по уничтожению.
Параллельно в отряде нарастает напряжение. Подруга Юми, Кана, начинает замечать, что после контакта с кристаллической кайдзю у Юми на коже проступают странные узоры, а её сила в бою возрастает в разы. Кана боится, что Юми постепенно теряет человечность и превращается в монстра. В то же время в городе появляются таинственные люди в чёрном, которые охотятся на кайдзю-беженку, используя технологии, способные высасывать жизненную энергию из любых существ. Юми оказывается перед выбором: защищать ту, кто просит о помощи, рискуя стать изгоем, или подчиниться приказу и предать того, кто доверился ей. В финале сезона выясняется, что разломы — это не случайность, а следствие эксперимента людей, которые пытались открыть портал в мир кайдзю, чтобы использовать их силу. И теперь, когда эксперимент вышел из-под контроля, на Землю надвигается настоящая волна разумных чудовищ, и только те, кто готов понять их, а не уничтожить, смогут остановить катастрофу.
