Кирито, уже знакомый с мирами виртуальной реальности, оказывается в ловушке. На него совершено нападение в реальном мире, и его сознание переносится в новую, невероятно реалистичную VR-среду — Подмир. Это не просто игра. Здесь нет привычных окон интерфейса, уровней или магии. Вместо этого действуют законы физики, а боевая система основана на управлении «потоком жизни» и манипуляции объектами через мысленные команды. Кирито просыпается в теле маленького мальчика по имени Кирсинбург, не помня своего прошлого. Он быстро находит друга — Юджио, парня с мечтой выковать легендарный голубой меч. Вместе они живут в деревне Рулид, занимаясь рубкой гигантского священного дерева. Но спокойная жизнь рушится, когда они сталкиваются с несправедливостью и жестокостью местной аристократии. Защищая девочку-рабыню Алису, друзья нарушают главный закон Подмира — Табу-индекс, что влечет за собой страшное наказание.
Спустя годы повзрослевшие Кирито и Юджио поступают в Академию мастеров меча, чтобы стать рыцарями-целителями. Их истинная цель — найти ту самую Алису, которую забрали рыцари единства, и понять, почему Подмир, созданный как симуляция для развития искусственного интеллекта, стал тюрьмой для его обитателей. В академии они сражаются на дуэлях, изучают секреты управления объектами и постепенно осознают, что их мир — не просто программа. Здесь есть души, эмоции и настоящая боль. Конфликт нарастает, когда в Подмир начинают вмешиваться силы извне: корпорация RATH, создавшая эту среду, и американские хакеры, стремящиеся захватить контроль над системой. Кирито и Юджио приходится бросить вызов не только жестоким рыцарям единства и их лидеру — Администратору, но и самой логике этого мира. Их дружба и верность идеалам проходят проверку на прочность, а финальная битва за судьбу Алисы и всего Подмира стирает грань между виртуальностью и реальностью, заставляя вспомнить, что даже в мире, созданном из кода, есть место для чуда и жертвы.