Второй сезон «Космического линкора Тирамису» продолжает абсурдные будни пилота Субару Итиносэ, который, кажется, окончательно сросся со своим мобильным рейдером «Дюрандаль». Теперь он не просто управляет машиной, а буквально растворяется в ней, превращая кабину в персональное пространство для медитации, сна и странных ритуалов. В то время как экипаж корабля пытается справиться с бюрократией, космическими угрозами и собственными комплексами, Субару ведет свою личную войну. Враг — не только инопланетные флотилии, но и невыносимая скука, неудобный скафандр, внезапно зачесавшийся нос или необходимость отвечать на сообщения от начальства. Каждая боевая вылазка превращается в череду нелепых случайностей: то он застревает в люке, то пытается приготовить рамэн в невесомости, то ведет философские диалоги с бортовым компьютером, который отвечает ему с сарказмом. Параллельно развивается линия его брата-близнеца Исаму, который пытается навязать Субару нормальную жизнь, но терпит крах за крахом, сталкиваясь с абсолютной неспособностью того отвлечься от внутреннего мира.
Сюжет разворачивается вокруг новых миссий «Тирамису», которые, по задумке командования, должны укрепить боевой дух и продемонстрировать мощь флота. На деле же каждая операция скатывается в фарс из-за Субару, который воспринимает космические сражения как досадную помеху для своих ежедневных ритуалов. Он может внезапно выключить двигатели посреди боя, чтобы досмотреть сон, или начать перестраивать интерьер кабины под новую кофеварку, игнорируя приказы. Второстепенные персонажи — от вечно страдающего механика до капитана с нервным тиком — получают больше экранного времени, пытаясь адаптироваться к хаосу, который создает их лучший пилот. Появляются новые враги, но их угроза мгновенно обесценивается, когда они сталкиваются с иррациональной логикой Субару. Например, инопланетный флагман может быть побежден не торпедой, а тем, что Субару случайно пролил на пульт управления газировку. Финал сезона подводит к мысли, что космос — это всего лишь декорация для внутреннего одиночества пилота, а настоящая битва происходит в его голове, где он пытается найти идеальное положение для подушки в кокпите.
