Третий сезон застает отряд защитников Земли в непривычной для них рутине. После грандиозной битвы с прошлым врагом, казалось бы, наступила долгожданная передышка. Парни пытаются вернуться к обычной жизни: Юма окончательно запутался в своих чувствах к Рё и постоянно ищет повод остаться с ним наедине, Ибуки с головой уходит в тренировки, пытаясь заглушить тревогу, а Эн и Каната, наоборот, наслаждаются спокойствием. Но идиллия рушится, когда в городе начинают происходить странные происшествия — люди теряют память, а на месте преступлений остаются загадочные символы, напоминающие древние письмена. Выясняется, что за этим стоит новая угроза — таинственная организация «Архитекторы», которая не стремится уничтожить мир, а хочет переписать саму историю человечества, стирая неугодные события и личности.
Ситуация осложняется тем, что «Архитекторы» используют технологию, воздействующую на воспоминания самих защитников. Рё начинает сомневаться в реальности своего прошлого, а Юма обнаруживает, что некоторые его яркие моменты с друзьями могли быть ложными. Команда сталкивается с самым страшным врагом — недоверием друг к другу. Ибуки, пытаясь защитить всех, принимает рискованное решение и внедряется в ряды организации, но его миссия оборачивается ловушкой. Теперь защитникам Земли предстоит не просто сражаться с монстрами, а бороться за собственные воспоминания и личности. Им придется заново учиться доверять друг другу, ведь единственное, что может противостоять стиранию истории — это искренняя связь между ними. В финале сезона выясняется шокирующая правда: один из «Архитекторов» — это альтернативная версия их старого друга, который решил, что переписать болезненное прошлое — единственный способ спасти всех от будущих страданий.
