Прошло десять лет после событий первого фильма. Человечество, наконец, обрело хрупкий мир, но цена этого спокойствия — забвение. Главный герой, юный и импульсивный Санрайз, живет в городе, парящем над бескрайним океаном. Он не помнит ни Эврики, ни Рентона, ни тех катастрофических сражений, что изменили мир. Для него и его сверстников «Летопись» — это просто развлечение, виртуальная игра, где можно управлять гигантскими роботами LFO. Но однажды во время облавы на диких «секретов» Санрайз встречает загадочную девушку по имени Эврика. Она появляется из ниоткуда, словно призрак прошлого, и в ее руках — ключ к истине, которую система предпочла похоронить. Девушка утверждает, что мир, в котором они живут, — фальшивка, созданная на руинах старого, и что «Летопись» — это не игра, а зашифрованная память о реальной войне.
Санрайз, движимый любопытством и странной связью с Эврикой, начинает раскапывать правду. Он узнает, что его собственное существование — часть грандиозного эксперимента по управлению эволюцией. Человечество, напуганное силой Коралловых рифов, предпочло стереть коллективную память, чтобы избежать повторения трагедии. Но Эврика, последняя хранительница этой памяти, не может смириться с ложью. Вместе с Санрайзом она бросает вызов устоявшемуся порядку, сражаясь не только с военными силами, но и с самой природой реальности. Им предстоит выяснить, что такое «Высокая эволюция» на самом деле: это не следующий шаг развития, а петля, в которую человечество загоняет себя снова и снова. Финал ставит под вопрос саму возможность искупления, оставляя зрителя наедине с горьким осознанием: чтобы двигаться вперед, иногда нужно разрушить все, что ты считал истиной.