Действие разворачивается в 0097 году Вселенского века, спустя три года после окончания Второй Нео Зеонской войны. Мир, казалось бы, обрёл хрупкое равновесие, но тени прошлого не желают исчезать. Главный герой, Йона Башта, служит пилотом в отряде по сбору останков мобильных доспехов. Вместе с напарником Мичелло и под руководством капитана Кеннета он получает задание перехватить таинственный мобильный костюм «Нарратив Гандам». Этот прототип, лишённый пси-фрейма, становится яблоком раздора между Земной Федерацией и остатками Нео Зеона, которые жаждут заполучить его для своих целей. Но настоящая угроза исходит от трёх «Фантомов» — пилотов-призраков, управляющих легендарными машинами, созданными по технологиям Зеона. Среди них выделяется загадочная девушка Минева Лао Заби, чьё истинное лицо скрыто под маской, и её верный страж, пилот «Синанджу» по имени Золтан Акканен.
В центре конфликта оказывается не просто боевая машина, а ключ к пониманию природы Ньютайпов — людей, способных ощущать космос и эмоции других. Йона, сам обладающий слабыми псионическими способностями, вынужден вступить в схватку не только с врагами, но и с собственными страхами. Его прошлое связано с исчезнувшей подругой детства, которая, возможно, стала частью экспериментального оружия. Параллельно Золтан, одержимый идеей превзойти самого Чара Азнабля, сеет хаос, стремясь доказать своё превосходство. Кульминацией становится столкновение на космической станции «Лаплас», где переплетаются судьбы всех участников. «Нарратив Гандам» — это не просто история о войне, а драма о том, как призраки прошлого определяют будущее, и о цене, которую приходится платить за возможность понять друг друга. Финал оставляет горькое послевкусие: даже победив, герои понимают, что истинный мир остаётся недостижимой мечтой, а новые конфликты уже зреют в тени старых ран.