Прошло три года после того, как экипаж «Ямато» ценой невероятных усилий спас Землю от радиационной угрозы Гаманта. Казалось бы, мир восстановлен, но в космосе зарождается новая, еще более чудовищная сила. Таинственная цивилизация Гаталантес, исповедующая жестокую философию «любви» как абсолютного подчинения и уничтожения всего инакомыслящего, начинает массированное вторжение. Их оружие — не просто боевые корабли, а гигантские «Город-крепости», способные испепелять планеты. Земной флот, ослабленный и разобщенный после прошлой войны, оказывается на грани полного уничтожения. В этот критический момент, когда надежда почти угасает, из глубин космоса возвращается легендарный линкор «Ямато». Судзуму Ямамото, теперь уже опытный капитан, получает приказ: вновь собрать старую команду и отправиться в самое сердце владений Гаталантес, чтобы найти их таинственную богиню-императрицу и остановить экспансию, грозящую стереть человечество из реальности.
Путь «Ямато» лежит через пространственно-временные разломы и миры, где сама реальность подчинена воле врага. Экипаж сталкивается не только с армадами кораблей, но и с мрачной тайной: Гаталантес использует технологию, способную воскрешать мертвых и превращать их в бездушных солдат, а их «любовь» оказывается формой паразитического контроля над сознанием. В центре конфликта оказывается Тереза, загадочная девушка, обладающая силой, способной как разрушить, так и спасти галактику. Старые герои, такие как аналитик Шима и главный инженер Токуган, вынуждены пересмотреть свои взгляды на войну и жертву, а Судзуму предстоит сделать невозможный выбор между спасением Земли и сохранением души человечества. В финальной битве, где сталкиваются воля к жизни и фанатичная доктрина уничтожения, «Ямато» становится не просто кораблем, а символом сопротивления, бросая вызов самой концепции «любви», превращенной в оружие абсолютного зла.
