Первый сезон закончился горькой победой. Наоко и её друзьям удалось предотвратить катастрофу, но цена оказалась непомерной — Чиаки исчез, растворившись в бесконечной череде временных петель, которые он сам же и создавал. Казалось, что история окончена, но тишина длилась недолго. Спустя несколько месяцев спокойной жизни Наоко начинает замечать странные сбои в реальности: знакомые улицы меняют очертания, люди повторяют одни и те же фразы, а в зеркалах заднего вида мелькает знакомая фигура в школьной форме. Вскоре выясняется, что исчезновение Чиаки не решило проблему — оно лишь отсрочило финал. Механизм, запущенный когда-то в заброшенной лаборатории, продолжает работать, и теперь временные аномалии угрожают стереть не только прошлое, но и само настоящее. Наоко предстоит заново собрать разрозненную команду, чтобы нырнуть в ещё более глубокие слои временного потока, где время ведёт себя как живой организм — оно помнит обиды и жаждет мести.
Второй сезон раскрывает изнанку путешествий во времени, показывая, что каждая исправленная ошибка оставляет шрамы на ткани мироздания. Герои сталкиваются с альтернативными версиями самих себя — теми, кто не смог выбраться из петель и остался в них навсегда, превратившись в агрессивных хранителей хронологии. Чиаки, застрявший между слоями реальности, подаёт сигналы через случайные совпадения: неправильно напечатанный текст в книге, внезапно заигравшая песня из прошлого, цифры на электронных часах, складывающиеся в дату их первой встречи. Наоко понимает, что единственный способ спасти друга — не разрушить петлю, а научиться с ней сосуществовать, превратив бесконечное повторение в танец. Но для этого придётся пожертвовать самым дорогим — памятью о том, какой была их жизнь до всех этих событий. Финал сезона оставляет зрителя на грани: герои стоят на пороге нового витка, но впервые у них есть выбор — замкнуть круг или разорвать его, навсегда забыв друг друга.
