Пятый сезон «Тетради дружбы Нацумэ» возвращает нас в тихий городок, где граница между миром людей и духов снова становится зыбкой. Таки Нацумэ, уставший от постоянного напряжения, но так и не научившийся полностью доверять своей силе, получает странное приглашение от одного из ёкаев. Оказывается, в округе начали происходить тревожные события: несколько могущественных духов, с которыми Нацумэ когда-то заключил договор, бесследно исчезают, а их имена в тетради дружбы начинают тускнеть. Вместе с верным Мадара-саном, который ворчит, но не отходит от него ни на шаг, Таки пытается выяснить причину. Расследование приводит его к древнему и забытому ритуалу, который может стереть не только имена, но и саму память о духах. Параллельно Нацумэ сталкивается с призраком девочки, которая застряла между мирами и отчаянно ищет своего потерянного друга-ёкая. Её история переплетается с тайной исчезновений, заставляя Таки вспомнить о хрупкости связей, которые он так старательно выстраивает.
Одновременно с этим в жизни Нацумэ происходит нечто не менее важное. Его приёмные родители, Тодзи и Токо, начинают замечать, что Таки слишком часто уходит в лес и возвращается уставшим. Впервые они мягко, но настойчиво пытаются заговорить с ним о его секретах, и Нацумэ оказывается перед сложным выбором: рассказать правду, рискуя разрушить их спокойную жизнь, или продолжать лгать, защищая их от мира духов. Это внутреннее напряжение достигает пика, когда один из ёкаев, желая отомстить за исчезновение своего сородича, нападает на дом Фудзивара. Нацумэ приходится вступить в открытое противостояние, используя не только силу тетради, но и поддержку своих друзей-людей — Нисёмуры, Таки и Сасады. В финале сезона он понимает, что тетрадь — это не просто список имён, а живая нить, соединяющая его с прошлым и будущим. Сезон заканчивается на горько-сладкой ноте: Нацумэ удаётся спасти пропавших духов, но он осознаёт, что некоторые связи, увы, обречены на угасание, и это часть взросления. Однако впервые он чувствует, что его одиночество отступает — не только благодаря ёкаям, но и благодаря людям, которые готовы принять его таким, какой он есть.