Второй сезон «Терраформирования» начинается с того, что выжившие после первой миссии на Марсе возвращаются на Землю, но радость от победы быстро сменяется ужасом. Вместо триумфа их встречает тотальный карантин и подозрения со стороны правительств мира. Становится ясно, что корпорация, спонсировавшая полет, скрывала истинную природу тараканов-мутантов и их связь с древним вирусом, который способен уничтожить человечество. Пока герои пытаются оправиться от потерь и осознать масштаб катастрофы, на Земле начинают происходить странные вспышки заражения. Оказывается, что некоторые из вернувшихся невольно принесли на себе споры инопланетного паразита, и теперь мутировавшие насекомые начинают адаптироваться к земным условиям с пугающей скоростью. Власти в панике вводят военное положение, а главные герои — Александр, Хирама и другие выжившие — оказываются в центре заговора, где их хотят использовать как подопытных кроликов для создания оружия против новой угрозы.
Параллельно развивается линия на самом Марсе, где колония тараканов эволюционирует в нечто большее, чем просто агрессивные монстры. Они начинают строить подземные города, осваивать технологии и даже пытаются установить контакт с людьми, но их язык и методы общения оказываются смертельными для человеческой психики. Второй сезон резко меняет тон: если первый был чистым хоррором про выживание, то теперь это мрачная научная фантастика с элементами политического триллера. Герои вынуждены объединиться с теми, кого еще вчера считали врагами, чтобы предотвратить глобальную пандемию. Кульминацией становится шокирующее открытие: тараканы — не случайная мутация, а результат древнего эксперимента внеземной цивилизации, и их конечная цель — не уничтожение людей, а слияние с ними в единый организм. Финал оставляет зрителя на грани нервного срыва, когда один из ключевых персонажей добровольно заражает себя вирусом, чтобы попытаться договориться с роем, и это решение ставит под вопрос само существование человечества как вида.
