Второй сезон «Портрета Цзянху: Реки и озёра» начинается спустя несколько месяцев после событий финала. Бай Сяошэн, наконец, обретает покой в маленькой деревушке у подножия гор, пытаясь забыть о кровавых интригах и потерянных друзьях. Но прошлое не отпускает: в окрестностях начинают пропадать люди, а по ночам в лесу видят призрачную фигуру в красном, чьи движения в точности повторяют утерянный стиль школы «Пылающего лотоса». Слухи доходят до столицы, и за голову Бай Сяошэна вновь назначают награду — кто-то очень влиятельный хочет заставить его вернуться к расследованию. Параллельно в городе Линьань вспыхивает эпидемия странной болезни, от которой люди впадают в бессознательное состояние, а их лица застывают в неестественной улыбке. Местный лекарь Чжао Юэ, сестра погибшего друга Бай Сяошэна, находит связь между эпидемией и древним артефактом, способным управлять воспоминаниями.
Бай Сяошэн вынужден снова взять в руки меч и отправиться в путь, но теперь его преследует не только Тайный приказ, но и таинственный убийца в маске, который знает каждое его движение. Расследование приводит героя в запретные подземелья старой императорской библиотеки, где хранятся чертежи механизмов, способных переписывать реальность. Выясняется, что за эпидемией стоит не просто безумный ученый, а целая сеть заговорщиков, мечтающих воскресить павшую династию. Бай Сяошэн сталкивается с выбором: использовать силу артефакта, чтобы стереть собственные болезненные воспоминания и начать жизнь с чистого листа, или принять груз прошлого и остановить тех, кто готов пожертвовать тысячами жизней ради иллюзорного величия. В финале сезона он понимает, что настоящий враг — не тот, кто стоит за троном, а та часть его души, что до сих пор не простила себя за ошибки. Последняя сцена обрывается на том, как Бай Сяошэн входит в горящий храм, где его ждет человек, которого он считал мертвым.
