Третий сезон «Психопаспорта» переносит действие в 2120 год, спустя восемь лет после событий второго сезона. Система Сивилла продолжает управлять обществом, но её контроль становится всё более хрупким. В центре событий — два новых инспектора Бюро общественной безопасности: Арата Шиндо, обладающий уникальной эмпатией и способностью считывать преступные намерения, и Кей Михаил Игнатов, бывший военный с загадочным прошлым и нестабильным коэффициентом преступности. Вместе они расследуют серию загадочных убийств, которые объединяет одно — жертвами становятся люди, чьи психопаспорта были искусственно изменены. Преступления совершаются с пугающей точностью, а улики указывают на существование некой теневой организации, способной манипулировать самой системой. Параллельно раскрывается тайна гибели предыдущих инспекторов, работавших над этим делом, и становится ясно, что Сивилла столкнулась с угрозой, которую не может просчитать.
По мере расследования Шиндо и Игнатов выходят на след загадочного беженца по имени Боуи, который, как выясняется, обладает способностью видеть «правду» за пределами алгоритмов Сивиллы. Его появление в Японии запускает цепь событий, ставящих под вопрос саму суть системы. Выясняется, что убийства — часть сложного плана по созданию нового типа общества, где люди смогут жить без постоянного контроля психопаспорта. В этом плане замешаны как высокопоставленные чиновники, так и бывшие члены Бюро, включая Нобутику Гиндзу, который теперь действует вне закона. Финал сезона подводит к точке невозврата: Шиндо и Игнатов оказываются перед выбором — сохранить существующий порядок, пусть и несовершенный, или дать шанс хаотичной, но свободной реальности. Сивилла впервые демонстрирует уязвимость, а зритель понимает, что грань между преступником и борцом за справедливость окончательно стерлась.
