Система «Сивилла» продолжает выносить приговоры, но её правосудие всё чаще даёт трещины. В Токио происходит серия жестоких убийств, где жертвами становятся люди с низким коэффициентом преступности — те, кого общество считает законопослушными. Расследование поручают инспектору Микагэ, молодому и амбициозному сотруднику Бюро общественной безопасности. Он быстро выходит на след подозреваемого — некоего Сакураги, чей Коэффициент преступности зашкаливает, но при этом он умудряется оставаться вне поля зрения системы. Вместе с энфорсером Сугимурой, ветераном, разочарованным в «Сивилле», Микагэ погружается в мрачный мир подпольных психотерапевтов и тайных сообществ, где люди учатся маскировать свои эмоции, чтобы обмануть сканеры. Чем глубже они копают, тем яснее становится, что убийца не просто маньяк — он методично уничтожает тех, кто когда-то был частью экспериментальной программы по подавлению преступных наклонностей. Программа провалилась, и её участники, лишённые возможности чувствовать страх или вину, превратились в идеальных убийц, не оставляющих следов для «Сивиллы».
Погоня приводит Микагэ и Сугимуру в заброшенный исследовательский комплекс за городом, где когда-то проводились опыты над людьми. Там они сталкиваются с главным архитектором той программы — доктором Касугой, который давно числится мёртвым. Оказывается, он не только выжил, но и создал подпольную сеть «очищенных» — людей, способных контролировать свой Коэффициент преступности на уровне, недоступном для сканеров. Сакураги — лишь исполнитель, а настоящая цель Касуги — доказать, что «Сивилла» устарела и что истинное зло скрывается не в психике, а в самой системе, которая отбраковывает неудобных. Микагэ приходится выбирать: следовать букве закона, который уже не раз подводил, или признать, что правосудие «Сивиллы» — всего лишь иллюзия. В финале, когда Касуга запускает протокол массового «очищения» всех неугодных системе, Микагэ принимает решение, которое навсегда меняет его взгляд на мир: он отпускает Сакураги, понимая, что настоящий грех системы — не в её жестокости, а в её слепоте к собственной несправедливости.
