Синъити Кудо, гениальный школьный детектив, превращенный в ребенка из-за ядовитого эксперимента организации в черном, под именем Конан Эдогава прибывает в Сингапур. Повод — грандиозное открытие выставки «Голубой сапфир», крупнейшего в мире драгоценного камня, который, по легенде, был утерян пиратами в XIX веке. Вместе с Ран Мори и профессором Агасой он оказывается в эпицентре роскошного приема на борту круизного лайнера. Однако праздник рушится в тот же миг, когда неизвестные похищают сапфир прямо из-под носа у сотен гостей. Конан мгновенно включается в расследование, но вскоре понимает: кража — лишь верхушка айсберга. За камнем охотится не просто шайка воров, а могущественная международная группировка, связанная с тайной подводной крепости, затонувшей у берегов Сингапура.
Параллельно с погоней за сапфиром Конан сталкивается с загадочным азиатским детективом Макото Кёгоку, который тоже ищет камень, но по своим причинам. Их дуэль умов перерастает в вынужденное партнерство, когда выясняется: «Голубой сапфир» — не просто драгоценность, а ключ к управлению древним военным арсеналом, спрятанным в затонувшем корабле. Злоумышленники планируют использовать эту силу, чтобы шантажировать мировые державы. Конану приходится действовать на пределе возможностей: разгадывать шифры, оставленные пиратами, уворачиваться от пуль наемников и использовать все гаджеты профессора Агасы, чтобы проникнуть в подводную крепость. В финальной схватке на фоне разрушающегося корабля он раскрывает истинного заказчика похищения — человека, который годами ждал момента, чтобы переписать историю. Но даже после того, как сапфир возвращен на место, Конан понимает: его главный враг, организация, снова оставила тень в этом деле, и Сингапур запомнит не только блеск драгоценного камня, но и тихий голос мальчика, который спас город от катастрофы.
