Тихий осенний Киото вздрагивает от череды загадочных краж в храмах, объединённых одной деталью — на месте преступления всегда остаётся конверт цвета запёкшейся крови. Полиция теряется в догадках, но всё меняется, когда в храме Ниси Хонгандзи находят не просто очередное послание, а старую фотографию, на которой запечатлена группа детей, играющих в саду. Среди них — юная мать Мори Ран, Эри Кисаке. Параллельно в жизни Синъити Кудо всплывает имя, которое он надеялся никогда больше не услышать: Акай Шуити получает зашифрованное письмо, подписанное инициалами, принадлежащими, по его мнению, давно погибшей женщине. Конан, чувствуя, что нити тянутся к тёмному прошлому организации, начинает собственное расследование, но вскоре понимает: кто-то методично подставляет Ран, подбрасывая улики, связывающие её мать с серийными кражами.
Когда в храме Кинкакудзи происходит убийство, а главным подозреваемым становится отец Ран, Когоро Мори, ситуация накаляется до предела. Конан вынужден объединиться с загадочным детективом Хейдзи Хатано, который тоже получил такое же «алое письмо». Вместе они распутывают клубок из семейных тайн, старых обид и предательств, уходящих корнями в студенческие годы Эри Кисаке. Оказывается, все кражи и убийства — лишь часть изощрённой мести, спланированной человеком, который считает, что Эри разрушила его жизнь. Кульминация разворачивается на крыше горящего храма, где Конан, рискуя жизнью, раскрывает личность преступника — того, кто всё это время был рядом, притворяясь другом семьи. В финале Ран получает настоящее «тёмно-алое любовное письмо» — признание в любви от Синъити, спрятанное в старом фотоальбоме, которое он оставил ей много лет назад, но которое она нашла только сейчас, осознав, что он всегда был рядом, даже когда его не было видно.