Человечество проиграло. Годзилла, мутировавший в нечто чудовищное, превратил Японию в радиоактивное пепелище. Остатки военных сил разбиты, города лежат в руинах, а сам монстр, достигнув невероятных размеров, уходит в спячку прямо в центре Токийского залива. В этом аду группа выживших ученых и солдат находит странную аномалию: фрагменты древнего организма, способного подавлять радиацию. Они понимают, что это их единственный шанс. Создается отчаянный план — пробудить Годзиллу, заманить его в ловушку и ввести ему смертельный антидот, который лишит его источника силы. Но времени почти нет: спячка монстра генерирует смертельное электромагнитное поле, которое вот-вот уничтожит всю планету.
Операция «Решающая схватка» начинается. Отряд смертников на модифицированных шаттлах проникает прямо в глотку исполина, чтобы доставить нано-роботов к его ядру. Внутри тела Годзиллы они сталкиваются с кошмарной биологической средой: кислотные реки, плотоядные паразиты и защитные механизмы, которые воспринимают людей как вирус. Каждая секунда на счету — связь с поверхностью прерывается, техника выходит из строя, а сам монстр начинает просыпаться раньше срока. В финальной битве, когда Годзилла уже поднимается из воды, готовый испустить свой разрушительный луч, внутри него разворачивается последняя схватка. Герои жертвуют собой, чтобы активировать антидот в самом сердце зверя. Годзилла замирает, его тело начинает распадаться на гигантские светящиеся кристаллы, которые дождем оседают на руины Токио. Человечество выживает, но цена этой победы — полное уничтожение последнего оплота цивилизации и осознание, что они убили не просто чудовище, а непостижимую силу природы.
