Человечество проиграло. После того как Годзилла, гигантский монстр, порождённый загрязнением планеты, в течение двадцатого века уничтожал мегаполисы, а затем и целые армии, люди были вынуждены бежать с Земли на космическом корабле «Аратра». Прошло двадцать лет скитаний в межзвёздной пустоте, но надежды на пригодную для колонизации планету так и не оправдались. В отчаянии капитан Харуо Сакаки, чья семья погибла в лапах монстра, убеждает экипаж вернуться на Землю. Он уверен, что за прошедшие века Годзилла мог исчезнуть или ослабеть, а планета — восстановиться. Корабль разворачивается, и через двадцать тысяч лет субъективного времени, но лишь через два года по корабельному времени, остатки человечества вновь видят родной мир.
Однако Земля изменилась до неузнаваемости. Вместо привычных городов и лесов их встречает биосфера, где доминируют гигантские растения, а воздух насыщен спорами, токсичными для людей. И, что хуже, Годзилла не просто жив — он эволюционировал. За двадцать тысяч лет монстр превратился в нечто невообразимое: его тело покрыто бронированной чешуёй, а аура излучает электромагнитные помехи, выводящие из строя технику. Сакаки, одержимый местью, разрабатывает план: использовать древние технологии инопланетной расы билусалудо, которые когда-то пытались захватить Землю, но были уничтожены Годзиллой. С помощью их наночастиц, способных пожирать металл, люди надеются разрушить плоть чудовища изнутри. Но атака проваливается — Годзилла оказывается разумным и адаптивным. Он уничтожает флот, убивает тысячи колонистов и загоняет выживших в ловушку. В финале Сакаки понимает, что единственный способ победить — пожертвовать собой, вступив в симбиоз с инопланетным оружием, чтобы стать новым монстром. Человечество вновь оказывается на грани исчезновения, а Земля навсегда остаётся планетой чудовищ.
