Шестой сезон «Гинтамы» стартует с того, что привычный мир Эдо трещит по швам. Казалось бы, после череды безумных приключений и неожиданных союзов жизнь в Ёродзуе должна войти в привычную колею бесконечных заказов на поиск пропавших кошек и доставку странных посылок. Но небеса, а точнее, космические захватчики Аманто, решают иначе. В городе начинают происходить странные вещи: пропадают люди, а на их месте появляются точные, но пустые копии. Гинтоки, Шинпачи и Кагура, пытаясь разобраться в очередном заказе от старого знакомого, натыкаются на след тайной организации, которая использует древнюю технологию, способную переписывать реальность. Самое страшное, что эта технология начинает влиять на воспоминания самих героев, заставляя их сомневаться в том, что было на самом деле, а что — лишь искусно созданная иллюзия. Привычный юмор и абсурдные драки никуда не делись, но теперь каждая шутка может обернуться ловушкой, а каждый союзник — врагом, который сам не знает о своей подмене.
Вторая половина сезона превращается в отчаянную гонку против времени и собственного разума. Гинтоки вынужден объединиться с самыми неожиданными фигурами, включая бывших врагов из Синсэнгуми и даже некоторых Аманто, чтобы добраться до источника заражения. Выясняется, что за всем стоит не просто жажда власти, а личная трагедия одного из древнейших существ, которое устало от бесконечной войны и решило стереть все конфликты, заменив их идеальным, но фальшивым миром. Кульминацией становится битва не на улицах Эдо, а в пространстве коллективного бессознательного, где каждый удар мечом может либо вернуть героям их подлинные, пусть и болезненные, воспоминания, либо навсегда погрузить их в сладкую ложь. Гинтоки, как всегда, выбирает третий путь — он не хочет ни идеального рая, ни кровавого ада, он просто хочет вернуться в свою грязную контору, где пахнет сладостями и жареным рисом, а на пороге его ждут вечно голодная принцесса и нытик-самурай. Финал сезона оставляет горько-сладкое послевкусие: мир спасен, но цена этого спасения — потерянная возможность для некоторых персонажей обрести покой, и теперь им придется жить с этим грузом, продолжая смеяться сквозь слезы.
