Действие разворачивается в прошлом, задолго до событий первой игры. Мы видим Академию Пик Надежды в её золотую эру, где собрались талантливые ученики со всего мира. Среди них — Чиаки Нанами, искренняя девушка, мечтающая стать ультимативной геймершей, и её друзья: бейсболист Леон Кувата, художница Саяка Майдзуно и другие. Они живут обычной школьной жизнью, полной тренировок, экзаменов и подростковых переживаний. Но идиллия рушится, когда в академию поступает загадочная переводчица — Рёко Отонаси. Она не помнит своего прошлого, но обладает пугающей способностью: её присутствие пробуждает в людях самые тёмные стороны. Рёко становится катализатором трагедии, постепенно превращая школу в рассадник паранойи и жестокости. Ученики, поддавшись её влиянию, начинают совершать необъяснимые поступки, а атмосфера дружбы сменяется взаимным недоверием. Кульминацией становится череда убийств, где каждый новый труп приближает героев к осознанию страшной правды: за маской Рёко скрывается воплощение чистого отчаяния — Дзюнко Эндошима, которая уже спланировала глобальную катастрофу.
Параллельно развивается линия «Комитета надежды» — группы старшекурсников во главе с Макото Наэги и Кёко Киригири, которые пытаются предотвратить надвигающийся хаос. Они сталкиваются с сопротивлением со стороны Совета учеников, ведомого харизматичным, но фанатичным Дзиндзиро Мацуда. Конфликт перерастает в открытое противостояние, где каждый использует свои таланты как оружие. В это время Дзюнко, манипулируя слабостями и страхами, сеет семена разрушения. Она не просто убивает — она ломает волю, доказывая, что даже самые светлые надежды могут обратиться в прах. Финал раскрывает механику её плана: через серию провокаций и психологических атак она доводит учеников до точки невозврата. Школа превращается в тюрьму, а выжившие — в заложников собственного отчаяния. Последние кадры показывают, как Дзюнко, улыбаясь, наблюдает за пожаром, охватившим академию, оставляя зрителя с горьким осознанием, что трагедия была неизбежна. Это история о том, как хрупкость человеческой психики и слепая вера в идеалы могут стать почвой для самого страшного зла.
