Мака Наэги, бывший ученик Академии Пик Надежды, теперь работает в Фонде Будущего — организации, созданной для противостояния отчаянию и помощи выжившим после трагических событий. Но мирная жизнь рушится в один миг. Наэги и ключевые члены Фонда получают приглашение на собрание от имени их пропавшего лидера, Дзюнко Эноды. Прибыв в изолированное здание, они оказываются в ловушке. На их запястьях защелкиваются странные браслеты, а на экране появляется Моно-Кума с новым смертельным приказом. Начинается Игра Убийств «Последняя надежда», где правила просты и жестоки: каждый участник носит браслет, который впрыскивает смертельный яд, если его владелец нарушает запрет. Главное правило — нельзя убивать других участников. Но есть и тайное условие: если участник впадает в отчаяние, его браслет активируется автоматически. Среди членов Фонда начинается паранойя. Кто-то уже находится под влиянием отчаяния, кто-то готов на всё ради выживания, а кто-то, возможно, сам является предателем. Наэги, верящий в силу надежды, пытается найти мирный выход, но каждое его действие лишь ускоряет цепь трагедий. Смерти следуют одна за другой, и каждое убийство оказывается не случайностью, а частью сложного плана, направленного на то, чтобы сломить дух самого Наэги.
Параллельно разворачивается история в прошлом, объясняющая, как мир пришёл к такому состоянию. Зритель видит события, предшествовавшие финалу второй игры, и знакомится с Классом 77-Б из Академии Пик Надежды. Эти ученики, обладающие выдающимися талантами, становятся жертвами манипуляций Дзюнко Эноды. Она сеет семена отчаяния, постепенно разрушая их дружбу и доверие. Кульминацией становится трагический инцидент, который превращает их в «Воющих в отчаянии» — группу, ответственную за глобальную катастрофу. В настоящем же времени Наэги сталкивается с самым страшным врагом — не с Моно-Кумой, а с собственными идеалами. Чтобы спасти друзей и остановить бесконечный цикл насилия, ему придётся понять, что иногда надежда может быть столь же разрушительной, как и отчаяние. Финал ставит точку в истории «Академии Пик Надежды», показывая, что грань между добром и злом тоньше, чем кажется, и что для победы над тьмой иногда нужно пожертвовать самым дорогим.
