Третий сезон «Загадочного Джокера» начинается с того, что Джокер и Хати уже не просто напарники, а признанные мастера мирового класса. Их имена гремят в преступном подполье, а коллекция пополняется самыми редкими сокровищами. Однако спокойная жизнь заканчивается, когда Джокер получает загадочное письмо от своего давнего соперника — Спайда. Вместо привычного вызова на кражу, Спайд предлагает сделку: обменять легендарный «Рубин Забвения» на информацию о происхождении Джокера. Герой, который никогда не знал своего прошлого, оказывается перед сложным выбором. Параллельно в городе появляется таинственная организация «Теневые Часы», которая охотится за артефактами, способными искажать реальность. Их лидер, женщина в маске по имени Кронос, утверждает, что Джокер — ключ к управлению временем, и начинает на него охоту. Хати, пытаясь защитить друга, сталкивается с тем, что его собственные навыки иллюзий начинают давать сбой, словно кто-то вмешивается в его магию.
В поисках правды Джокер и Хати отправляются в заброшенный город-призрак, где, по слухам, спрятан первый артефакт «Теневых Часов». Там они встречают странную девочку по имени Лилит, которая утверждает, что помнит Джокера из другого времени. Она предупреждает, что если Кронос соберет все три артефакта, она сможет переписать историю, стерев само существование Джокера. Героям приходится объединиться с бывшими врагами, включая Спайда и даже инспектора, который теперь сомневается в законности методов организации. Кульминацией становится финальная кража в небесном замке, где время течет хаотично. Джокеру предстоит не только украсть последний артефакт, но и сделать невозможный выбор: узнать тайну своего рождения, пожертвовав памятью Хати, или навсегда остаться в тени собственного прошлого. Финал оставляет открытый вопрос — кто на самом деле управляет судьбой в этом мире, где каждый фокус может стать последним.