В центре сюжета — тихий и замкнутый старшеклассник Коёми Хибия, чья жизнь состоит из серых будней и наблюдений за окружающими. Его единственным увлечением является коллекционирование старинных часов, механизм которых он находит куда более понятным, чем людские эмоции. Всё меняется в один дождливый день, когда в заброшенной часовой мастерской он встречает загадочную девушку по имени Сиори. Она утверждает, что является «Хранителем Времени» — существом, способным видеть и, в ограниченной мере, взаимодействовать с временными потоками. Сиори рассказывает Коёми, что само течение времени в их городе начало давать опасные сбои, проявляющиеся в виде локальных «временных петель», «заморозок» и скачков, незаметных для обычных людей. Причина кроется в надвигающемся масштабном хроно-катаклизме, который может разорвать ткань реальности.
Коёми, к своему удивлению, обнаруживает, что тоже способен воспринимать эти аномалии, а его глубокое интуитивное понимание механизмов делает его ключевой фигурой в попытках всё исправить. Вместе с Сиори они начинают исследовать возникающие временные искажения, сталкиваясь с призрачными отголосками прошлого, фрагментами возможных будущего и таинственным «Хронофагом» — существом, пожирающим чужие воспоминания и время. По мере продвижения вперёд Коёми приходится не только разгадывать тайны часового мира, но и учиться понимать свои собственные чувства, свою связь с Сиори и ту настоящую жертву, которую может потребовать восстановление хрупкого равновесия времени. Их борьба превращается в нежную и меланхоличную историю о памяти, ответственности и о том, что даже мимолётные мгновения могут иметь вечную ценность.
