Второй сезон «Откровения» начинается ровно там, где закончился первый: мир содрогается от последствий «Великого Сброса». Реальность больше не едина. Города превратились в архипелаги, разделенные пространственно-временными разломами, а обычные люди, пережившие Катаклизм, начинают пробуждать в себе странные способности. Главный герой, который в финале первого сезона ценой невероятных усилий предотвратил полное уничтожение человечества, теперь сталкивается с новой угрозой. Оказывается, что его действия не остановили апокалипсис, а лишь отсрочили его и изменили форму. Вместо единого конца света наступила эпоха «Тысячи мелких концов» — локальных катастроф, каждая из которых способна уничтожить целый регион. Герой обнаруживает, что его собственная сила, которую он считал даром, на самом деле является ключом к еще более древнему и страшному механизму, заложенному в саму структуру мироздания.
Параллельно развивается линия таинственной организации «Архитекторы», которая существовала задолго до первого сезона. Они не были врагами, но и не были союзниками. Во втором сезоне их истинные мотивы выходят на первый план: они пытаются не спасти мир, а переписать его историю с нуля, стерев саму память о человечестве как о неудачном эксперименте. Герой вынужден объединиться со своими бывшими противниками, чтобы проникнуть в «Ядро Реальности» — мифическое место, где хранятся исходные коды вселенной. Но чем глубже он погружается в тайны мироздания, тем сильнее меняется сам. Его тело начинает распадаться на частицы информации, а воспоминания — смешиваться с воспоминаниями погибших цивилизаций. Финальная битва происходит не в физическом мире, а в сознании героя, где ему предстоит сделать невозможный выбор: пожертвовать своей личностью, чтобы дать человечеству второй шанс, или сохранить себя, обрекая всех на вечное перерождение в бесконечном цикле страданий.
